Determinação da estrutura de proteínas usando restrições derivadas de ligação cruzada em espectrometria de massas: comparação de metodologias computacionais

Abstract

Sistemas biológicos trabalham como máquinas complexas e altamente coordenadas e, desde o surgimento da Biologia Estrutural, muitos mecanismos e estruturas biológicas foram elucidados. A quantidade considerável de conhecimentos que vem se gerando nessa área devem-se a aplicação de métodos experimentais associados a metodologias computacionais que permitem compreender a dinâmica estrutural de sistemas biológicos. Metodologias computacionais de modelagem molecular, que utilizam as distâncias experimentais como restrições para a determinação estrutural das macromoléculas, usando potenciais estatísticos, modelos baseados em estrutura (SBM) ou métodos de determinação inferencial de estruturas (ISD). O ISD tem se destacado como um método de alta resolução para determinação de estruturas terciárias e quaternárias de proteínas a partir de dados experimentais de espectroscopia de ressonância magnética nuclear (RMN) e de massas empregando ligações cruzadas (XL-MS). No presente trabalho foi possível observar que a alta resolução obtida provém da combinação de técnicas computacionais que empregam inferência bayesina, obtendo parâmetros e modelos de maior precisão, e também de simulated annealing, obtendo maiores espaços conformacionais.